2.建議使用高保真酶進(jìn)行目的片段的 PCR 擴(kuò)增，并摸索退火溫度，優(yōu)化反應(yīng)體系和程序。

載體線(xiàn)性化

1.雙酶切：同時(shí)選擇兩種限制性?xún)?nèi)切酶對(duì)載體質(zhì)粒進(jìn)行線(xiàn)性化處理。內(nèi)切酶選擇可參考第二章第一節(jié)內(nèi)容；

3.反向 PCR 擴(kuò)增：以載體質(zhì)粒為模板，以 PCR 擴(kuò)增形式進(jìn)行線(xiàn)性化。建議使用高保真酶擴(kuò)增，降低突變引入，且模板質(zhì)粒投入量不宜過(guò)多（50μl 投入 1ng），并使用 DpnI 對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物消化。

目的片段和線(xiàn)性化載體的純化回收

2.推薦使用切膠回收的方式純化（切膠時(shí)間最好控制在 3min 內(nèi)，避免紫外照射對(duì) DNA 的傷），回收濃度使用 NanoDrop/OneDrop 等儀器檢測(cè)，濃度應(yīng)當(dāng)≥ 20ng/μl，并跑膠鑒定是否為單一目的條帶；

3.回收濃度低時(shí)，可通過(guò)增加 PCR/ 酶切反應(yīng)體系，采取多管反應(yīng)單管回收的方式，提高回收產(chǎn)物的濃度。

目的片段與線(xiàn)性化載體連接重組

1.連接反應(yīng)體系按照說(shuō)明書(shū)要求計(jì)算投入量，體系中各組分投入體積≥ 1μl，若濃度過(guò)高可稀釋后使用；

感受態(tài)轉(zhuǎn)化涂板

連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化的感受態(tài)細(xì)胞選擇使用 DH5α、Fast-T1 等克隆用化學(xué)感受態(tài)細(xì)胞；
2. 感受態(tài)細(xì)胞不可反復(fù)凍融使用，-80°C取出后建議一次用完；
3. 重組產(chǎn)物體積與感受態(tài)細(xì)胞體積的比例為 1:10，推薦 10μl 重組產(chǎn)物加入至 100μl 感受態(tài)
細(xì)胞或 5μl 重組產(chǎn)物加入至 50μl 感受態(tài)細(xì)胞；
4. 熱激時(shí)間：按照感受態(tài)細(xì)胞說(shuō)明書(shū)操作進(jìn)行；
5. 平板抗生素抗性：平板使用抗性與轉(zhuǎn)化的載體抗性需保持一致；
6. 菌液涂板體積：將菌液離心（2500×g、3min），移液槍吸取丟棄多余 LB 培養(yǎng)基，保留
100μl 重懸后全部涂板；或吸取合適體積涂板。

單克隆菌落PCR鑒定
1. 挑取平板中體積大小適中的單克隆菌落，避免選擇過(guò)大或過(guò)小的單克隆菌落；
2. 挑取數(shù)個(gè)單克隆菌落進(jìn)行鑒定分析；
3. 挑取的菌落放入已添加 10μl ddH 2 O 的 1.5ml 或 2ml EP 管中溶解混勻后，吸取 1-2μl 作為
PCR 反應(yīng)（10/20μl 體系）模板；

4. 推薦使用一對(duì)分別位于片段和載體的上下游引物進(jìn)行 PCR 鑒定。

常見(jiàn)問(wèn)題分析：
不長(zhǎng)克隆
1. 引物同源臂設(shè)計(jì)錯(cuò)誤：長(zhǎng)度（不計(jì)算酶切位點(diǎn)）應(yīng)為 15-20bp 之間，過(guò)長(zhǎng)過(guò)短均影響重組效率；GC 含量以 40-60% 之間最適，超出范圍會(huì)影響重組效率。建議使用 CE Design 在線(xiàn)設(shè)計(jì)；
2. 重組反應(yīng)體系不符合要求：片段和線(xiàn)性化載體的總長(zhǎng)度不應(yīng)超過(guò) 20kb，應(yīng)當(dāng)切膠回收且回收濃度不低于 20ng/μl；濃度過(guò)高時(shí)需稀釋使用，保證體系投入體積不小于 1μl；投入量按
照下表公式計(jì)算：

3. 連接反應(yīng)不適當(dāng)：反應(yīng)應(yīng)在 PCR 儀中進(jìn)行，溫度、時(shí)間設(shè)置按照說(shuō)明書(shū)進(jìn)行，當(dāng)同源臂GC 含量超過(guò) 60% 或連接片段數(shù)較多時(shí)，可延長(zhǎng)至 30min，其中 C112/C113 可將溫度時(shí)間改為 50°C 15min；
4. 陽(yáng)性對(duì)照反應(yīng)：使用試劑盒中提供的線(xiàn)性化載體和插入片段，按說(shuō)明書(shū)配制重組反應(yīng)體系，以排除其他實(shí)驗(yàn)材料及操作因素的影響；
5. 轉(zhuǎn)化涂板操作不當(dāng)：感受態(tài)細(xì)胞應(yīng)選用 DH5α、Fast-T1 等克隆用化學(xué)感受態(tài)細(xì)胞，不可使用電擊感受態(tài)細(xì)胞；重組產(chǎn)物體積與感受態(tài)體積的比例為 1:10；熱激時(shí)間按照感受態(tài)細(xì)胞說(shuō)明書(shū)操作；平板使用抗性與載體抗性保持一致；涂板前將菌液離心（2500×g，3min），移液槍吸取丟棄多余 LB 培養(yǎng)基，保留100μl 重懸后全部涂板。

假陽(yáng)性；

引物同源臂設(shè)計(jì)錯(cuò)誤：長(zhǎng)度（不計(jì)算酶切位點(diǎn)）應(yīng)為 15-20bp 之間，過(guò)長(zhǎng)過(guò)短均影響重組效率；
GC 含量以 40-60% 之間最適，超出范圍影響重組效率。建議使用 CE Design 在線(xiàn)設(shè)計(jì)；
2. 目的片段 PCR 擴(kuò)增模板質(zhì)粒殘留：若目的片段擴(kuò)增自質(zhì)粒模板，且質(zhì)粒抗性與載體抗性一致時(shí)，應(yīng)當(dāng)降低質(zhì)粒模板投入量（50μl 體系使用 1ng 質(zhì)粒），擴(kuò)增后使用 DpnI 消化并切膠回收；
3. 線(xiàn)性化載體產(chǎn)物原始質(zhì)粒殘留：若使用酶切方式線(xiàn)性化載體，使用跑膠鑒定部分酶切（酶切前后質(zhì)粒同時(shí)對(duì)比），部分酶切時(shí)需調(diào)整酶切方案（參考第二章第一節(jié)內(nèi)容），酶切產(chǎn)物應(yīng)切膠回收；若通過(guò) PCR 反向擴(kuò)增線(xiàn)性化載體，應(yīng)當(dāng)降低質(zhì)粒模板投入量（50μl 體系使用 1ng 質(zhì)粒），擴(kuò)增后使用 DpnI 消化并切膠回收；
4. 重組反應(yīng)體系不符合要求：片段和線(xiàn)性化載體的總長(zhǎng)度不應(yīng)超過(guò) 20kb，應(yīng)當(dāng)切膠回收且回收濃度不低于 20ng/μl；濃度過(guò)高時(shí)需稀釋使用，保證體系投入體積不小于 1μl；投入量按照下表公式計(jì)算。

測(cè)序突變

5. 平板抗性失效：平板使用抗性與載體抗性保持一致，并確認(rèn)抗生素工作液濃度和有效期（一測(cè)序突變1.測(cè)序克隆數(shù)過(guò)少：測(cè)序克隆數(shù)只有 1 個(gè)時(shí)，測(cè)序信息部分可信，建議多測(cè)幾個(gè)單克隆，檢查突變處的測(cè)序信號(hào)是否有問(wèn)題，分析突變是否從模板引入；
2. 突變位置：若堿基突變位于引物處，建議重新合成引物再次實(shí)驗(yàn)；位于其他部位的突變，應(yīng)當(dāng)使用高保真酶重新制備模板再次實(shí)驗(yàn)。

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